Microbiota intestinal: qué es, funciones, mitos y su impacto en la salud

La microbiota intestinal es un ecosistema complejo y diverso compuesto por billones de microorganismos que habitan en tu cuerpo, especialmente en el aparato digestivo. Aunque en su mayoría se trata de bacterias, también encontramos arqueas, hongos, virus y otros tipos de microorganismos. Su papel es fundamental para mantener el equilibrio y buen funcionamiento del organismo.

¿Dónde se encuentra principalmente la microbiota?

La mayor concentración de microbiota se localiza en el intestino grueso, esto es, en el colon. Estudios de metagenómica (algo así como el estudio de los genes que portamos en el intestino y que no forman parte de tus células humanas) realizados a partir de muestras fecales han revelado que, aunque muchos de los genes microbianos están identificados, aún persiste un porcentaje considerable cuyo origen sigue siendo desconocido.

En adultos, la microbiota intestinal se compone principalmente de cuatro grandes grupos bacterianos:

  • Bacteroidetes (como Bacteroides y Prevotella)
  • Firmicutes (como Faecalibacterium, Lactobacillus, Roseburia y Ruminococcus)
  • Proteobacterias (como E. coli, Klebsiella y Enterobacter)
  • Actinobacterias (como Bifidobacterium)

Los grupos Firmicutes y Bacteroidetes representan aproximadamente el 90 % del total bacteriano. Mientras los Firmicutes son los principales productores de ácidos grasos de cadena corta, los Bacteroidetes tienen la capacidad de degradar polisacáridos complejos.

¿Pesa realmente 2 kilos la microbiota intestinal?

Una creencia común es que la microbiota puede llegar a pesar hasta 2 kilos, pero esta afirmación carece de respaldo científico. Aunque la mayoría de microorganismos del cuerpo se encuentran en el colon, estos representan menos de la mitad del peso seco de las heces. Teniendo en cuenta que, en estudios en cadáveres, el contenido total del colon difícilmente supera los 400 gramos, es improbable que el conjunto microbiano alcance esos famosos 2 kilos. Esta cifra parece derivar de estimaciones sobredimensionadas y, con toda probabilidad, el peso de tu microbiota es inferior a los 400 g.

Intestine, appendix and digestive system, doctor holding anatomy model for study diagnosis and treatment in hospital.

Influencia del tipo de parto en la microbiota del recién nacido

La colonización de tu intestino comienza en el nacimiento, y la vía por la cual naces influye significativamente en esta primera fase.

  • Parto vaginal: el contacto con la microbiota vaginal y fecal de tu madre permite una colonización predominante por bacterias como Lactobacillus, Prevotella y Bacteroides. Este proceso se ve fortalecido por la lactancia materna.
  • Cesárea: en estos casos, el primer contacto es con la microbiota de la piel materna y del entorno hospitalario, predominando bacterias como Staphylococcus, Corynebacterium y Propionibacterium.

Aunque se ha sugerido que los bebés nacidos por cesárea podrían tener mayor riesgo de desarrollar alergias, asma o enfermedades autoinmunes, estas diferencias tienden a diluirse con el tiempo. A los 2 o 3 años, factores como la dieta, el uso de antibióticos, el entorno y la genética pueden influir incluso más que el tipo de parto en la conformación de la microbiota adulta.

Funciones esenciales de la microbiota

Este conjunto de microorganismos cumple múltiples funciones vitales para la salud digestiva y general:

  • Refuerza la barrera intestinal, previniendo el paso de sustancias no deseadas al interior del cuerpo.
  • Modula el sistema inmunológico, fomentando la tolerancia a los alimentos y evitando respuestas inflamatorias inadecuadas.
  • Compite con microorganismos patógenos, manteniendo el equilibrio del ecosistema intestinal.
  • Participa en la regulación del metabolismo, influyendo en procesos como el almacenamiento de energía y la sensibilidad a la insulina.
  • Contribuye a la producción de neurotransmisores, como la serotonina, que se comunica con el cerebro a través del nervio vago.
  • Interviene en el metabolismo de fármacos y en la síntesis de ácidos grasos de cadena corta, esenciales para la salud del colon.

¿Qué es la disbiosis intestinal?

La disbiosis se refiere a un desequilibrio en la microbiota intestinal, tanto en su composición como en su funcionalidad, que suele ir acompañado de una reducción en la diversidad microbiana. No existe, sin embargo, una definición científica universal de lo que se considera una microbiota «normal», lo que complica su diagnóstico.

Desde un enfoque funcional, se considera disbiosis cuando:

  • Disminuyen especies bacterianas beneficiosas como Faecalibacterium prausnitzii, Bifidobacterium spp., Lactobacillus, Akkermansia muciniphila o Roseburia.
  • Aumentan microorganismos asociados a procesos inflamatorios, como E. coli, Proteobacterias, Enterococcus y Actinomyces.

Este desequilibrio puede relacionarse con mayor permeabilidad intestinal, inflamación crónica de bajo grado y desarrollo de diversas enfermedades. No obstante, es importante tener en cuenta que la clasificación de una bacteria como “beneficiosa” o “perjudicial” depende de múltiples factores, entre ellos:

  • La cepa específica.
  • La composición global del ecosistema microbiano.
  • El estado de salud del huésped.
  • La dieta y otros factores ambientales.

Un caso muy común de disbiosis es el que se produce tras la toma de antibióticos, los cuales pueden eliminar bacterias clave, reducir la diversidad microbiana y alterar funciones fundamentales.

Clostridioides difficile: una bacteria común que te puede hacer enfermar

Un ejemplo de cómo una bacteria presente en condiciones normales puede causar enfermedad tras la alteración del ecosistema intestinal es el caso de Clostridioides difficile. Esta bacteria puede encontrarse en forma de esporas en menos del 10 % de adultos sanos, sin causar síntomas.

Sin embargo, tras la toma de antibióticos o en personas con inmunidad debilitada, esta bacteria puede activarse y producir toxinas. El resultado puede ser una colitis pseudomembranosa, una inflamación grave del colon que puede derivar en diarreas intensas e incluso complicaciones graves.

woman sitting on the toilet with a head ache and c 2025 04 05 04 27 55 utc

¿Puede observarse la microbiota durante una colonoscopia?

Durante una colonoscopia convencional no es posible visualizar tu microbiota intestinal. Las bacterias que la componen son microscópicas y no pueden ser detectadas a simple vista ni con endoscopios de alta definición.

Lo que sí puede observarse ocasionalmente son signos indirectos, como la presencia de moco o pseudomembranas, en casos como la infección por Clostridioides difficile. Para estudiar la microbiota en profundidad, se requieren técnicas especializadas como análisis metagenómicos a partir de muestras de heces.

¿La limpieza intestinal antes de una colonoscopia puede afectar la microbiota del colon?

La preparación previa a una colonoscopia, que implica el uso de laxantes en dosis elevadas para limpiar el colon, podría tener un cierto impacto sobre tu microbiota intestinal. Aunque estos efectos suelen ser temporales, diversos estudios han evidenciado que este proceso altera tanto la composición como la diversidad de las bacterias presentes en el colon, de forma similar a lo que ocurre con el uso de antibióticos.

En concreto, se ha observado una disminución en la diversidad microbiana tras la preparación del colon, junto con un aumento en bacterias potencialmente proinflamatorias, como las del grupo Proteobacteria. Al mismo tiempo, se reduce la presencia de bacterias consideradas beneficiosas para la salud intestinal, como Lactobacillus y Faecalibacterium.

Afortunadamente, si eres una persona sana, estos cambios suelen revertirse en un plazo aproximado de dos semanas, tiempo en el que tu microbiota tiende a recuperar su composición original. Sin embargo, este proceso de recuperación puede ser más lento en personas mayores o en quienes padecen enfermedades crónicas.

Pese a estas alteraciones, aún no está del todo claro el impacto clínico real de esta disbiosis temporal. Muchos de los estudios disponibles tienen limitaciones importantes, como el bajo número de participantes, la falta de un control riguroso sobre factores como la dieta o la edad, y diferencias en los métodos utilizados para el análisis de la microbiota. Por ello, aunque es razonable considerar que el uso de laxantes altera transitoriamente la flora intestinal, no se puede afirmar con certeza que represente un riesgo para la salud del paciente.

Enfermedades asociadas a alteraciones en la microbiota intestinal

Las alteraciones en la microbiota, conocidas como disbiosis, han captado una enorme atención en la investigación médica actual por su posible implicación en múltiples enfermedades. Aunque la evidencia de una relación directa causa-efecto todavía no es concluyente, sí existe un consenso creciente sobre su asociación con diversas patologías, tanto digestivas como sistémicas.

Entre las enfermedades más frecuentemente vinculadas a desequilibrios en la microbiota se encuentran la obesidad, la diabetes tipo 2, enfermedades inflamatorias intestinales como la colitis ulcerosa y la enfermedad de Crohn, ciertos tipos de cáncer y varios trastornos neuropsiquiátricos. En estos casos, se ha detectado una menor diversidad bacteriana, una pérdida de especies beneficiosas y una mayor proporción de bacterias con potencial inflamatorio.

¿Asociación o causa? El reto de entender el papel de la microbiota

Sin embargo, saber si algunas bacterias de tu microbiota son la causa de ciertos problemas de salud o si simplemente están presentes como consecuencia de la enfermedad no es nada fácil. En ciencia, distinguir entre lo que está “asociado” y lo que realmente “causa” algo puede ser mucho más complicado de lo que parece.

Para entenderlo mejor, imagina esta escena: tu hijo pequeño está viendo un partido de su equipo favorito y justo cuando un jugador va a tirar un penalti, él cruza los dedos con todas sus fuerzas. El gol entra, y tu hijo cree que fue gracias a su gesto. Aunque resulte adorable, sabemos que no es así. Hay una coincidencia, una asociación, pero no una relación de causa y efecto.

Con la microbiota pasa algo parecido. A veces encontramos ciertas bacterias en personas con una enfermedad, pero eso no significa que esas bacterias la hayan provocado. Tal vez llegaron después, como consecuencia del problema, o simplemente comparten un entorno alterado. Por eso, separar una cosa de la otra (asociación frente a causalidad), aunque parezca sencillo, requiere estudios muy bien diseñados y mucho rigor.

Enfermedades con alteraciones microbianas bien documentadas

Pero, volvamos a las enfermedades. Un ejemplo claro se encuentra en la enfermedad inflamatoria intestinal, donde se ha documentado una reducción de bacterias productoras de butirato —un compuesto antiinflamatorio natural— y un incremento de bacterias mucolíticas y sulfatorreductoras. Estos cambios podrían estar contribuyendo al mantenimiento del estado inflamatorio crónico característico de estas patologías.

En otros casos, como el síndrome del intestino irritable, la obesidad o incluso la depresión, también se han identificado algunos perfiles de microbiota alterada. Sin embargo, todavía no está claro si estos cambios son una causa, una consecuencia o simplemente un marcador de la enfermedad.

Algunos experimentos en modelos animales «germ-free», es decir, sin microbiota, han demostrado que el trasplante de microbiota proveniente de personas con ciertas enfermedades puede inducir síntomas similares en los animales. Estos hallazgos apuntan a un posible papel causal, aunque trasladarlos a la realidad humana requiere cautela debido a las diferencias biológicas y ambientales entre especies.

En definitiva, aunque los avances en este campo son prometedores, atribuir a la microbiota un papel causal en el desarrollo de enfermedades aún es prematuro. Las alteraciones observadas podrían deberse a la propia enfermedad, al tratamiento farmacológico o a los cambios en el estilo de vida que acompañan a muchas de estas patologías.

¿Cómo afecta la microbiota a enfermedades como la Enfermedad Inflamatoria Intestinal y el cáncer de colon?

La conexión entre la microbiota intestinal y patologías como la Enfermedad Inflamatoria Intestinal (EII) o el cáncer colorrectal es un campo de estudio muy activo. Aunque se han identificado alteraciones microbianas en ambas enfermedades, aún no se ha determinado con precisión si estos cambios son una causa directa, una consecuencia o una combinación de ambas.

Microbiota y Enfermedad Inflamatoria Intestinal

En el caso de la EII, que abarca tanto la enfermedad de Crohn como la colitis ulcerosa, los estudios han evidenciado una disbiosis intestinal característica. En estos pacientes se observa una reducción de bacterias beneficiosas, como Faecalibacterium prausnitzii, conocida por producir butirato (un ácido graso de cadena corta con propiedades antiinflamatorias) y ejercer funciones inmunomoduladoras. Al mismo tiempo, hay un aumento de bacterias mucolíticas como Ruminococcus, capaces de degradar la capa de moco intestinal y favorecer procesos inflamatorios.

Estas alteraciones microbianas suelen ir acompañadas de una menor diversidad bacteriana, alteración de la barrera epitelial intestinal y una respuesta inmunitaria desregulada. Estos factores, en conjunto, no solo podrían mantener la inflamación crónica, sino también iniciarla en personas genéticamente predispuestas.

Un ejemplo revelador es el proyecto GEM (Genética, Ambiente y Microbiota), cuyo estudio reciente, publicado en 2023, ha aportado datos relevantes sobre el papel de la microbiota en la predisposición a la enfermedad de Crohn. Este trabajo identificó ciertos patrones de disbiosis —caracterizados por la pérdida de bacterias protectoras y el aumento de cepas proinflamatorias— como factores de riesgo potenciales. Además, se constató cómo estas alteraciones interactúan con elementos genéticos y ambientales, abriendo nuevas posibilidades para el desarrollo de estrategias terapéuticas centradas en la modulación del ecosistema intestinal.

A pesar de estos avances, la evidencia aún no permite afirmar que la disbiosis sea la causa primaria de la EII. Más bien, se considera uno de los factores clave dentro de un complejo entramado de interacciones entre genética, microbiota, sistema inmunológico y ambiente.

Microbiota y cáncer colorrectal

En el caso del cáncer colorrectal, también se han identificado cambios importantes en la composición de la microbiota. Especies como Fusobacterium nucleatum, ciertas cepas de Escherichia coli y Bacteroides se han relacionado con la progresión tumoral debido a su capacidad para inducir inflamación, dañar el ADN celular o modificar la respuesta inmune. No obstante, aún no está claro si estas bacterias tienen un papel iniciador del cáncer o si simplemente proliferan como consecuencia del entorno tumoral ya existente.

Una revisión crítica publicada en Nature Medicine ha cuestionado la utilidad de Fusobacterium como biomarcador fiable para el cáncer colorrectal, indicando que su presencia podría deberse más a la inflamación que rodea al tumor que a una participación directa en su desarrollo.

Además, investigaciones recientes han vinculado el cáncer colorrectal en adultos jóvenes con la exposición previa a una toxina producida por ciertas cepas de E. coli, conocida como colibactina. Esta sustancia puede generar daños en el ADN del epitelio intestinal, lo que, con el tiempo, puede propiciar el desarrollo de tumores. Curiosamente, los pacientes ya no presentan esta bacteria en el momento del diagnóstico, pero sí muestran alteraciones genéticas características, lo que sugiere que la exposición pudo ocurrir durante la infancia, dejando una “huella” biológica que se manifiesta muchos años después.

En definitiva, tanto en la EII como en el cáncer de colon, la disbiosis intestinal juega un papel relevante, pero no se puede asumir como causa directa. Más bien, parece existir una relación de retroalimentación: la enfermedad altera el ecosistema intestinal y, a su vez, estas alteraciones microbianas contribuyen a agravar el cuadro clínico.

Establecer relaciones causales claras sigue siendo complicado debido a la gran variabilidad de la microbiota entre individuos, así como a factores externos como la dieta, la medicación, la edad o el entorno. Además, todavía no se ha definido una “microbiota sana” universal con la que establecer comparaciones.

¿Qué es el trasplante de microbiota fecal y en qué casos se utiliza?

El trasplante de microbiota fecal (TMF) es una técnica médica que consiste en transferir material fecal de un donante sano al intestino de un paciente, con el objetivo de restaurar un equilibrio adecuado en la microbiota intestinal. En términos sencillos, se trata de “reprogramar” la flora intestinal de una persona enferma mediante los microorganismos de una persona saludable.

Este procedimiento puede realizarse a través de diferentes vías: mediante colonoscopia, enemas, sondas nasogástricas o incluso cápsulas orales diseñadas específicamente para esta función. Antes de llevar a cabo el trasplante, los donantes deben superar rigurosos controles médicos para garantizar la ausencia de agentes infecciosos o riesgos potenciales para el receptor.

Actualmente, la principal indicación clínica del TMF, respaldada por numerosos estudios científicos, es el tratamiento de la infección por Clostridioides difficile en casos graves o resistentes a la terapia antibiótica convencional. Esta bacteria puede desencadenar cuadros de diarrea intensa, especialmente tras el uso prolongado de antibióticos. En pacientes con infecciones recurrentes o graves, el trasplante fecal ha demostrado una efectividad notable, con tasas de éxito superiores al 85%. Por esta razón, su uso está contemplado en diversas guías clínicas internacionales.

Además de esta aplicación, existen múltiples investigaciones en curso que evalúan el potencial del TMF en otras patologías, como la enfermedad inflamatoria intestinal o el síndrome del intestino irritable. Sin embargo, los resultados obtenidos hasta el momento no han sido lo suficientemente consistentes como para establecer el trasplante como un tratamiento estándar en estos casos.

¿Qué utilidad tienen los estudios de microbiota en heces?

En los últimos años ha crecido el interés por los estudios de microbiota intestinal, pruebas que prometen revelar el estado del equilibrio bacteriano del intestino a través de una simple muestra de heces. Estos análisis suelen ir acompañados de recomendaciones dietéticas o suplementos «personalizados», lo que ha llevado a muchas personas a adquirirlos por su cuenta o a través de aseguradoras privadas. Sin embargo, la evidencia científica actual no respalda el uso clínico de los tests de microbiota fecal.

Recientemente, un artículo publicado en la revista Science destacó que estos estudios carecen de respaldo científico sólido. Además, un consenso internacional, con la participación de más de 60 especialistas, también concluyó que no existe suficiente evidencia para utilizar estas pruebas como herramienta diagnóstica en la práctica médica.

¿Qué limitaciones tienen estos estudios?

Uno de los principales problemas radica en la falta de criterios claros sobre lo que constituye una microbiota «saludable». La interpretación de estos análisis suele basarse en bases de datos internas poco representativas o en comparaciones con grupos de personas enfermas, lo cual es una gran limitación. Por otra parte, factores como la dieta, el uso de medicamentos, el estilo de vida o incluso la hora del día pueden influir significativamente en los resultados, limitando su fiabilidad.

Desde un punto de vista técnico, estos tests de microbiota fecal tampoco han demostrado validez analítica. No se conocen con certeza los rangos normales, lo que impide estimar correctamente los falsos positivos o negativos. Además, se ha observado que una misma muestra puede arrojar resultados distintos entre laboratorios diferentes o incluso dentro del mismo centro, lo que pone en entredicho su precisión.

Otro aspecto preocupante es que muchas empresas que comercializan estas pruebas también venden los suplementos que recomiendan o promueven la repetición periódica de los estudios, generando un modelo de negocio sin evidencia de beneficio clínico. Esto puede llevar a consecuencias negativas, como el autodiagnóstico, el retraso en acudir a un profesional médico, trastornos alimentarios o el uso innecesario de suplementos en lugar de tratamientos validados científicamente.

Por todo ello, hoy por hoy, los análisis de microbiota en heces no deben utilizarse como pruebas diagnósticas ni para guiar tratamientos. En caso de presentar síntomas digestivos o inquietudes relacionadas con la salud intestinal, lo más adecuado es acudir a un especialista que pueda realizar una evaluación médica completa.

La investigación en este campo continúa avanzando, y es posible que en el futuro estas herramientas puedan tener una mayor aplicación. Pero por el momento, los tests de microbiota fecal deben considerarse únicamente dentro del ámbito de la investigación científica y no son de utilidad en la práctica clínica actual.

OTRAS REFERENCIAS:

“Microbiota. Los microbios de tu organismo” Ignacio López-Goñi. Editorial Guadalmazán 2018

“¿Qué sabemos de?… La microbiota intestinal” Carmen Peláez y Teresa Requena. CSIC 2017

Suscríbete a nuestra newsletter